Действие ленты разворачивается спустя несколько лет после событий первого фильма, когда угроза, исходящая от инопланетных паразитов, казалось бы, была полностью ликвидирована. Но из глубин космоса на Землю проникает новый, еще более опасный вид захватчиков, способных не только полностью подчинять себе человеческие тела, сохраняя внешний вид и память хозяина, но и быстро размножаться,...
После триумфа над Ханом и создания планеты Генезис капитан Джеймс Т. Керк не может радоваться победе: он потерял своего близкого друга Спока, который погиб, спасая корабль «Энтерпрайз», и эта рана не заживает. Дополнительная беда подкрадывается к доктору Мак-Кою: под влиянием кандарианской сущности он теряет рассудок, и его жизнь тоже оказывается под угрозой.