Фильм погружает в атмосферу закрытой общины, скрытой от посторонних глаз, где действуют строгие незыблемые правила и четкая иерархия во главе с верховным гуру, пользующимся безоговорочным доверием и почтением всех последователей. Когда лидер предлагает сестре брата место в высшем круге общины, доступное только избранным, молодой человек отказывается мириться с разлукой — он не намерен...
Действие картины разворачивается в Германии XVII века, в разгар Тридцатилетней войны и эпидемии чумы, которые оставили тысячи детей без родителей и крова. 13-летний сирота Крабат, скитаясь по дорогам в поисках еды и убежища, случайно попадает на старую мельницу, стоящую в глухом лесу на окраине деревни.