В этой версии истории о Человеке-пауке Питер Паркер — обычный старшеклассник, который с детства живёт с дядей и тётей, так как его родители пропали при загадочных обстоятельствах. В школе он часто становится объектом насмешек хулиганов, а его единственная отрада — симпатия к однокласснице Гвен Стэйси, которая отвечает ему взаимностью втайне от всех.
Сюжет ленты разворачивается сразу после возвращения космической экспедиции, исследовавшей комету Галлея. На борту шаттла «Черчилль» обнаруживают инопланетный корабль и трёх гуманоидов в стеклянных саркофагах, которых решают доставить в лондонскую лабораторию для изучения. Вскоре после вскрытия шаттла выясняется, что вся его прежняя команда погибла при загадочных обстоятельствах, а саркофаги...