Гильермо дель Торо переосмыслил классическую историю Карло Коллоди, перенеся действие в довоенную Италию 1930-х годов и добавив в сюжет глубокие личные мотивы. Деревянная кукла Пиноккио создается старым резчиком Джепетто, который переживает смерть своего маленького сына и не может смириться с утратой — мальчик получает жизнь не как подарок, а как попытка заполнить пустоту в сердце отца.
После событий второго фильма компания зверей из Центрального зоопарка вместе с пингвинами и королем Джулианом продолжает попытки вернуться домой в Нью-Йорк, и пингвины, которые уже не раз пытались организовать обратный рейс, находят способ добраться до Америки на корабле, зайдя для стоянки в Монте-Карло.