Вторая полнометражная работа братьев Вачовски, продолжающая историю Нео, который осознал свою роль Избранного и теперь возглавляет восстание людей против поработившего их мира машин. После событий первой части сопротивление готовится к решающему удару, но противники оказываются готовы к отпору: машины планируют атаковать Зион — последний свободный город людей, чтобы навсегда уничтожить...
Днём Томас Андерсон — незаметный сотрудник крупной корпорации, который терпит нравоучения начальства и старается не выделяться среди коллег. Но как только он остаётся один за компьютером, образ меняется: под псевдонимом Нео он становится одним из самых искусных хакеров сети, который может проникнуть куда угодно и найти любую закрытую информацию.