После временного перемирия, установленного после предыдущих столкновений, равновесие в мире монстров снова рушится: в недрах Земли просыпается древняя сила, с которой не могут справиться даже самые могущественные титаны. Годзилла получает неожиданную эволюцию своих способностей, а Конг вынужден искать союзников не только среди людей, но и среди других обитателей скрытого подземного мира.
Вторая часть монстрвселенной «Легенда о Годзилле» продолжает историю взаимодействия человечества и гигантских кайдзю, которые долгое время считались вымершими мифами. События разворачиваются после того, как Годзилла впервые показал себя миру, и криптозоологическое агентство «Монарх» пытается отслеживать перемещения древних существ, не допуская столкновений с населенными пунктами.