Действие картины разворачивается на третьем году Войн клонов, которые уже три года раздирают Галактическую Республику, некогда бывшую мирным и стабильным государством. Армия клонов, созданная по приказу канцлера Палпатина, противостоит силам Конфедерации независимых систем под предводительством графа Дуку, который скрывает, что является тайным тёмным лордом ситхов, служащим своему учителю.
Долгожданный первый эпизод приквела оригинальной трилогии «Звёздных войн», вышедший в 1999 году после 16-летнего перерыва в выходе фильмов франшизы, открывает зрителям предысторию становления главного злодея саги Дарта Вейдера и зарождения конфликта между Галактической Республикой и ордой ситхов. Действие разворачивается на заре Республики, когда мирная планета Набу становится жертвой агрессии...