Второй фильм франшизы о противостоянии элитного американско-канадского отряда спецназа G.I. Joe и террористической организации «Кобра» разворачивается сразу после событий первой части. После успешной миссии в Пакистане бойцы отряда становятся мишенью для беспрецедентной атаки, а официальная власть подставляет их, обвинив в краже ядерной боеголовки и государственной измене.
События фильма разворачиваются на фоне многовековой войны между двумя расами инопланетных роботов, способных превращаться в наземную технику и другие механизмы. Автоботы, приверженцы защиты живых существ, прилетают на Землю в поисках скрытого ключа, дающего преимущество в противостоянии с безжалостными Десептиконами, стремящимися захватить верховную власть во всей Вселенной.