Действие ленты разворачивается в послевоенной Японии 1947 года: главный герой, бывший камикадзе Коити Сикисима, переживший бомбардировки Токио и потерявший близких, пытается наладить обычную жизнь в разрушенном городе. К нему присоединяется девушка, также потерявшая семью во время воздушных налётов, с маленьким ребёнком, которого она спасла во время одной из атак.
Действие картины разворачивается в 1614 году, когда Япония только что объединилась под властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. В этот неспокойный период, когда старые клановые распри не угасли даже после установления централизованной власти, две маленькие деревни ниндзя — Кога и Ига — продолжают жить по законам вечной вражды, которая длится уже поколения.