Действие картины разворачивается на третьем году Войн клонов, которые уже три года раздирают Галактическую Республику, некогда бывшую мирным и стабильным государством. Армия клонов, созданная по приказу канцлера Палпатина, противостоит силам Конфедерации независимых систем под предводительством графа Дуку, который скрывает, что является тайным тёмным лордом ситхов, служащим своему учителю.
Действие второго эпизода приквела культовой саги разворачивается через десять лет после событий, описанных в «Скрытой угрозе». Республика погружается в глубочайший кризис: движение сепаратистов, объединяющее сотни планет и влиятельные корпоративные альянсы, готовит открытое выступление против центральной власти.