Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло уже не маленькие черепашки, которые только научились владеть оружием — теперь они подростки, пытающиеся построить обычную жизнь в шумном Нью-Йорке. Днём они ходят в школу, общаются с одноклассниками, пытаются разобраться в себе и своих интересах, как и все ребята их возраста, а ночью выходят на улицы города, чтобы защищать его от преступности и...
В отличие от многих предыдущих адаптаций, эта версия истории о четверых братьях-черепахах Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэле не начинается с их знакомства с ниндзюцу на улицах Нью-Йорка — всю свою жизнь они провели в подземных тоннелях городской канализации, скрываясь от людей под присмотром своего учителя Сплишера.